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跑全掃描圖像需要用到openslide這個(gè)包，底層是用C語(yǔ)言寫(xiě)的，這里是openslide-python的安裝以及詳解點(diǎn)擊打開(kāi)鏈接
首先下載openslide-matlab的包，github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab
解壓 用matlab運(yùn)行openslide_load_library.m這個(gè)文件，我出現(xiàn)了這個(gè)錯(cuò)誤
libopenslide.so.0 not available on the MATLAB path\n
解決辦法
首先在終端找到libopenslide.so.0這個(gè)文件
locate libopenslide.so.0
于是能得到文件的位置
我的位置是在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0
如果找不到，直接在linux系統(tǒng)文件夾里搜索也行
然后將openslide_load_library.m中的第45行的
libName = libopenslide.so.0 改成
libName =('/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0');
然后繼續(xù)運(yùn)行openslide_load_library.m這個(gè)文件，可能又出現(xiàn)類似的錯(cuò)誤，怒了，matlab的which（）這個(gè)語(yǔ)句不咋地，
將下面一行的 which（libName）直接改成
'/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0'
然后繼續(xù)運(yùn)行openslide_load_library.m這個(gè)文件
openslide.h not available on the MATLAB path這個(gè)錯(cuò)誤
繼續(xù)在終端運(yùn)行
locate openslide.h
這時(shí)候應(yīng)該能發(fā)現(xiàn)openslide.h文件在的位置，
同樣如果找不到，直接在linux系統(tǒng)文件夾里搜索也行
將第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');這一句改成
openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');
目前安裝就已經(jīng)結(jié)束了，但是我出現(xiàn)了一個(gè)問(wèn)題
我的機(jī)器里沒(méi)有openslide.h這個(gè)文件，locate找不到位置，思前想后，可能我在安裝openslide-python的時(shí)候是用命令安裝的，所以找不到這個(gè)文件
重新安裝openslide-python這個(gè)包，下載地址http://openslide.org/download/
下載的是3.4.1，根據(jù)readme顯示
首先得安裝一些必要的庫(kù)，避免一些不必要的麻煩，無(wú)論有用與否
1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev
2. sudo apt-get install openslide-tools
3. sudo apt-get install python-openslide
4. sudo apt-get install python3-openslide
cd openslide-3.4.1/ sudo ./configure
會(huì)檢查一些需要的庫(kù)，我缺少了openjpeg這個(gè)庫(kù)，安裝指南https://github.com/uclouvain/openjpeg/blob/master/INSTALL.md
首先得下載https://github.com/uclouvain/openjpeg/releases/tag/v2.1.2
然后根據(jù)安裝指南 切記下載 Source code (tar.gz)
To build the library, type from source tree directory:
mkdir build
cd build
cmake ..
make
Binaries are then located in the 'bin' directory.
To install the library, type with root privileges:
make install
make clean
To build the html documentation, you need doxygen to be installed on your system.It will create an "html" directory in TOP_LEVEL/build/doc)
make doc
然后再
cd openslide-3.4.1/ sudo ./configure
提示缺少No package 'sqlite3' found
安裝splite3
sudo apt-get install sqlite sqlite3
然后就ok了，這時(shí)候再locate openslide.h就能發(fā)現(xiàn)位置了，我的位置是在
/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h
然后更改openslide_load_library.m
將第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');這一句改成
openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');
再運(yùn)行openslide_load_library.m就OK了
可以嘗試運(yùn)行openslide_example.m 不報(bào)錯(cuò)就可以了，祝好運(yùn)。
網(wǎng)頁(yè)名稱：Ubuntu下安裝openslide-matlab
鏈接分享：http://www.5511xx.com/article/dhpsieh.html
