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在Linux環(huán)境下，有許多工具和命令可用于提升工作效率和計(jì)算速度。其中，qsub是一款使用廣泛的命令行工具，可幫助用戶將計(jì)算任務(wù)提交到集群系統(tǒng)中進(jìn)行處理。本文將介紹qsub在Linux下的具體使用指南，幫助讀者更好地掌握和使用該工具。
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一、qsub的基本介紹
qsub全稱為”Queue Submitter”，是Sun Grid Engine (SGE)集群管理軟件中的一個(gè)命令行工具。它的主要作用是將用戶提交的任務(wù)加入到隊(duì)列中，等待計(jì)算節(jié)點(diǎn)執(zhí)行。qsub可在Unix/Linux等操作系統(tǒng)下使用，是高性能計(jì)算集群中提交任務(wù)的標(biāo)準(zhǔn)方式之一。
二、qsub的安裝與配置
如果您的系統(tǒng)中已經(jīng)安裝了SGE集群管理軟件，則qsub命令已經(jīng)包含在其中。如果沒有安裝，可以通過以下命令進(jìn)行安裝：
sudo apt-get install gridengine-client
安裝完成后，需要進(jìn)行相關(guān)配置。具體步驟如下：
1. 配置集群管理器
在集群中安裝SGE集群管理軟件后，需要執(zhí)行以下命令來配置SGE：
sudo /usr/share/gridengine/util/install_modules/install_modules_local
安裝完成后，需要啟動(dòng)SGE服務(wù)：
sudo service gridengine-master start
2. 配置qsub
安裝完SGE集群管理軟件后，可以使用qsub命令來執(zhí)行計(jì)算任務(wù)。在使用qsub之前，需要進(jìn)行以下配置：
（1）創(chuàng)建一個(gè)工作目錄，在其中創(chuàng)建一個(gè)腳本文件。腳本文件中包含要執(zhí)行的命令和參數(shù)。
（2）在腳本文件的開頭寫入#!/bin/bash，表示這是一個(gè)shell腳本。
（3）在腳本文件中添加作業(yè)控制參數(shù)，如#BSUB命令、#PBS命令等。
（4）將腳本文件命名為job.sh并保存在工作目錄中。
（5）使用qsub命令將任務(wù)提交到集群系統(tǒng)中。
三、qsub的使用
1. 命令格式
qsub [-ACdfklmnpqtTv] [-@ 條件] [-a 開始時(shí)間] [-A 賬戶] [-b y/n] [-c n] [-C 目錄] [-cwd] [-e 錯(cuò)誤文件] [-h] [-I] [-j y/n] [-js 腳本] [-l 資源] [-m y/n] [-M 郵件地址] [-N 作業(yè)名稱] [-o 輸出文件] [-p 優(yōu)先級(jí)] [-P 項(xiàng)目] [-r y/n] [-S 解釋器] [-u 用戶] [-v 環(huán)境變量] [-V] [-w 類型] [-W 等待時(shí)間] [-x] [腳本]
2. 常用參數(shù)
（1）-l 資源：指定作業(yè)執(zhí)行要求的資源，如使用節(jié)點(diǎn)數(shù)、CPU數(shù)量、內(nèi)存大小等。
（2）-N 作業(yè)名稱：指定作業(yè)的名稱，方便管理和查找。
（3）-o 輸出文件：指定標(biāo)準(zhǔn)輸出文件的名稱。
（4）-e 錯(cuò)誤文件：指定標(biāo)準(zhǔn)錯(cuò)誤輸出文件的名稱。
（5）-p 優(yōu)先級(jí)：指定作業(yè)執(zhí)行的優(yōu)先級(jí)。
（6）-q 主機(jī)名：指定要使用的計(jì)算節(jié)點(diǎn)。
（7）-S 解釋器：指定作業(yè)使用的解釋器。
（8）-V：將環(huán)境變量傳遞給腳本中的程序。
四、qsub的示例
下面給出一個(gè)qsub的使用示例，該示例中，我們將使用qsub命令將一個(gè)簡(jiǎn)單的程序提交到集群系統(tǒng)中執(zhí)行。
1. 創(chuàng)建一個(gè)工作目錄，將以下腳本保存為job.sh：
#!/bin/bash
#$ -N test
#$ -cwd
#$ -l nodes=1:ppn=8
echo “hello, world!”
以上腳本表示，我們將創(chuàng)建一個(gè)名為test的作業(yè)，要求使用1個(gè)節(jié)點(diǎn)和8個(gè)CPU核心，使用默認(rèn)的工作目錄并輸出”hello, world!”。
2. 使用qsub命令提交作業(yè)并查看執(zhí)行結(jié)果：
qsub job.sh
qstat -u [username]
以上命令將作業(yè)提交到集群系統(tǒng)中，并使用qstat查看執(zhí)行結(jié)果。如果作業(yè)執(zhí)行成功，將在標(biāo)準(zhǔn)輸出文件中輸出”hello, world!”。
五、
通過本文的學(xué)習(xí)，我們了解了qsub在Linux環(huán)境下的相關(guān)知識(shí)和使用指南。在實(shí)際工作中，qsub將為用戶提供便捷的計(jì)算任務(wù)提交方式，極大地提高了工作效率和計(jì)算速度。希望讀者們能夠深刻理解并掌握qsub命令的使用方法，從而更好地利用Linux環(huán)境中的優(yōu)秀工具。
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新手，純純搬運(yùn)工【出處引用自：
】
1. Linux常用命令
最常用：
ls（英文全拼：list files）：列出目錄及文件名
ls -l：列出目錄及文件名，可查看更多
ls -al：可以看到隱藏文件
cd（英文全拼：change directory）：切換目錄
cd .. ：返回上一級(jí)
cd
文件夾
名：進(jìn)入目錄
pwd（英文全拼：print work directory）：顯示目前的目錄
mkdir 文件夾名（英文全拼：make directory）：創(chuàng)建一個(gè)新的目錄
rmdir 文件夾名（英文全拼：remove directory）：刪除一個(gè)空的目錄
cp xxx xxx（英文全拼：copy file）: 復(fù)制文件或目錄
mv xxx xxx（英文全拼：move file）: 移動(dòng)文件或目錄，或修改文件或目錄的名稱
rm（英文全拼：remove）: 刪除文件
rm -r 文件夾名：遞歸刪除某目錄
clear：清空terminal的所有內(nèi)容（或者使用Ctrl+L）
tab按鍵：補(bǔ)充完整文件名或文件夾名
次常用：
vim/vi 某文件 （編輯文件）
nano 某文件 （編輯文件）
touch 文件 （新建空文件）
sudo -s （切換到root模式磨橋姿）
exit （退出root模式等）
sudo chmod -R 755 文件名/文件夾名 （獲取文件/文件夾的755權(quán)限）
chown （改變文件或目錄的所有者）
chgrp （改變文件或目錄的所屬組）
make （編譯成.exe）
解壓/解包：
tar文件 （注：tar是打包，不是壓縮?。?/p>
解包：tar xvf FileName.tar
打包：tar cvf FileName.tar DirName
.gz文件
解壓1：gunzip FileName.gz
解壓2：gzip -d FileName.gz
壓縮：gzip FileName
.
tar.gz
和 .tgz文件
解壓：tar zxvf FileName.tar.gz
壓縮：tar zcvf FileName.tar.gz DirName
安裝和卸載deb軟件包：
安裝：sudo dpkg -i deb文件
查看：sudo dpkg -l
卸載：sudo dpkg -r 軟件名
參考資料：
Linux 教程
Linux常用命令
linux中tar命令的用法
全瞎絕網(wǎng)最全Linux命令總結(jié)
2. vim/vi里的操作
:q 退出
:wq 保存并退出
:w 保存
:q! 強(qiáng)行退出（不保存退出）
:w! 強(qiáng)行保存
i 進(jìn)入編輯，轉(zhuǎn)為輸入模式（光標(biāo)前面）
a 進(jìn)入編輯，轉(zhuǎn)為輸入模式（光標(biāo)后面）
o 進(jìn)入編輯，轉(zhuǎn)為輸入模式（光標(biāo)下方新建一行）
Esc 退消肆出i（插入）命令
3. 超算中PBS常用命令
pbsnodes （查看所有節(jié)點(diǎn)）
pbsnodes -l free （查看空閑節(jié)點(diǎn)）
pbsnodes 某節(jié)點(diǎn) （查看某節(jié)點(diǎn)狀態(tài)）
.sh
某節(jié)點(diǎn) （轉(zhuǎn)到某節(jié)點(diǎn)）
exit （離開節(jié)點(diǎn)）
qsub 文件名.pbs/sh （提交任務(wù)）
qstat （列出狀態(tài)）
qstat -q （列出隊(duì)列）
qstat -n （列出隊(duì)列中使用的節(jié)點(diǎn)）
qstat -f jobid （查看jobid任務(wù)的詳細(xì)信息）
qdel jobid （取消任務(wù)）
4. 其他
（1）Linux開機(jī)自啟
sh文件中包含：
#!/bin/bash#chkconfig:#description:auto_run
sh文件移動(dòng)到/etc/init.d后，分別輸入命令：
chkconfig –add xxx.sh
chkconfig –list
chkconfig xxx.sh on
service xxx.sh start
參考資料： linux 開機(jī)啟動(dòng) .sh 文件 – 自己的太陽 – 博客園
（2）Linux
環(huán)境變量
方法1：臨時(shí)使用環(huán)境變量：export PATH=”/home/www/anaconda3/bin:$PATH”
方法2：修改.bashrc文件
參考資料： Linux PATH 作用以及查看和修改方法_haozhepeng的專欄
（3）兩個(gè)sh文件
a.sh文件（用于提交任務(wù)，執(zhí)行a.py文件）
#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1python a.py
a.sh文件（用于提交任務(wù)，執(zhí)行a.
exe文件
）
#!/bin/sh#PBS -N task#PBS -l nodes=1:ppn=1#PBS -q scorecd $PBS_O_WORKDIRexport OMP_NUM_THREADS=1./a.exe
（4）一個(gè)makefile文件
makefile文件（用于編譯Fortran文件）
INC := -I/public/software/compiler/intel/composer_xe_2023.2.164/mkl/include/intel64/lp64
LIB := -L/public/software/compiler/intel/composer_xe_2023.2.164/mkl/lib/intel64
mpi:= -I/public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/include /public/software/mpi/mpich/3.1.4/intel/lib -lmpich -limf -lsvml -lintlc
src:=Console1exec:=a
all: $(src).f90
Linux集群使用命令
存儲(chǔ)NAS 文件操作
df -h查看空間使用情況
警惕超大 nohup.out
任務(wù)提交
任務(wù)提交前
qhost–查看集群負(fù)載狀態(tài)
qsub / qsub-sge.pl–提交茄逗任務(wù)
qstat–查看任務(wù)狀態(tài)
qdel / qmod–任務(wù)控制
任務(wù)查看
qhost -j—列出所有用戶在每個(gè)節(jié)點(diǎn)上的任務(wù)
qhost -q—列出每個(gè)節(jié)點(diǎn)上每個(gè)隊(duì)列的任務(wù)數(shù)
qhost -u username—列出某個(gè)用戶在每個(gè)節(jié)點(diǎn)上的任務(wù)
提交命令
qsub -cwd -q queue.q test.sh
qsub-sge.pl –maxproc 50 –resource vf=5G –queue queue.q test.sh
任務(wù)查看2
qstat -u username—查看某個(gè)用戶的任務(wù)
qstat -u *,—查看所有用戶的任枯納告務(wù)
qstat –j jobs_ID—查看某個(gè)任務(wù)的詳細(xì)信息
查看.e和.o文件
.e：錯(cuò)誤信息
.o：標(biāo)準(zhǔn)輸出
任務(wù)控制
qdel jobID—?jiǎng)h除某個(gè)任務(wù)
qdel -u username—?jiǎng)h除某個(gè)用戶的所有任務(wù)
qmod -s jobID–掛起某個(gè)任務(wù)
qmod -us jobID—繼續(xù)運(yùn)行某個(gè)掛起的任務(wù)
按任務(wù)占用內(nèi)存大小選擇相應(yīng)的隊(duì)列
查看隊(duì)列 qstat -g c
QUEUE
PE.q–并行
cloud.q–云平臺(tái)
general.q–96G節(jié)點(diǎn)
middle.q–96G節(jié)點(diǎn)
great.q–大內(nèi)存節(jié)點(diǎn)
plus.q–大內(nèi)存節(jié)點(diǎn)
single.q–Trinity組裝
single._p.q—Trinity組沒明裝（占用內(nèi)存較大）
TOP監(jiān)視
編輯于
紅旗Linux. bash：qsub：command not found，該怎么解決
——解兆檔決方案——
——解決方族戚亂仔咐案——
關(guān)于qsub linux的介紹到此就結(jié)束了，不知道你從中找到你需要的信息了嗎 ？如果你還想了解更多這方面的信息，記得收藏關(guān)注本站。
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